En los últimos años se ha reportado la presencia de individuos asintomáticos con infecciones submicroscópicas de Plasmodium spp. en la Región Amazónica quienes pasan desapercibidos al sistema rutinario de diagnóstico (microscopía y las pruebas de diagnóstico rápido) y al no ser tratados, se convierten en reservorios de la malaria. Por otro lado, existen pruebas moleculares como la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR), más sensibles, pero a la vez más complejas y costosas. Existe un nuevo método de diagnóstico molecular llamado Amplificación Isotérmica Mediada por Horquillas (LAMP), cuya principal ventaja es el mínimo requerimiento de equipo y entrenamiento. En el presente estudio se determinó la efectividad de la prueba LAMP, en 503 muestras que incluían individuos asintomáticos infectados con malaria y controles sanos provenientes de la Amazonia Peruana, versus dos PCRs en Tiempo Real, uno para detectar a Plasmodium spp (qPCR-PgMt) y otro para diferenciar la especie (PCR-18S). La prueba LAMP detectó 4 veces más individuos infectados con malaria en comparación con la microscopía. En las muestras con infecciones a Plasmodium spp. LAMP tuvo una sensibilidad de 92.1% (88.1% - 95.1%) y 92.5% (88.4% - 95.5%) en comparación con qPCR-PgMt y qPCR-18S, respectivamente. Comparando LAMP a la técnica de qPCR-18S, la detección de P. falciparum tuvo una sensibilidad del 75.8% (57.7% - 88.9%), mientras que para P. vivax fue del 88.3% (83.1% - 92.4%). Existe una relación directa entre la densidad parasitaria y la sensibilidad de LAMP, siendo capaz de detectar muestras con más de 1 parásito/μL de sangre para los casos de Plasmodium spp. y P. vivax, mientras que a densidades mayores a 10 parásitos/μL, LAMP detecta P. falciparum con una sensibilidad del 100%. En este estudio se observó que la técnica LAMP no fue lo suficientemente sensible para detectar infecciones con densidades parasitarias por debajo de 1 parásito/μL, pero tiene lo necesario para poder ser empleado como método de diagnóstico de campo al tener una sensibilidad mayor que las pruebas de diagnóstico de rutina; pero se tiene que mejorar su sensibilidad y la detección de especies de parásitos que no sean P. falciparum.