El reciente desarrollo del RNA-Seq, un método de secuenciamiento masivo en paralelo para el análisis de transcriptomas permite conocer el perfil de expresión de las plantas en respuesta a estrés de tipo abiótico y biótico. En este estudio, se secuenció el mRNA proveniente de hojas y raíces de dos variedades de papas nativas expuestas a diferentes niveles de sequía. Lecturas o readsde 50 pares de bases provenientes de mRNA se mapearon al genoma de papa: 75 – 82% mapearon a posiciones únicas, 6 – 14% mapearon a múltiples posiciones y 9 – 12% no mapearon a posición alguna del genoma. Comparando los perfiles de expresión, se encontraron entre 887 – 1925 genes inducidos/reprimidos por sequía en la variedad sensible y 998 – 1995 en la tolerante. Este estudio generó información de gran valor que podrá ser utilizada en futuros estudios para comprender mejor los mecanismos moleculares de resistencia a sequía en papa y especies cercanas.