La identificación y determinación de la susceptibilidad antimicrobiana de un patógeno son útiles para un buen tratamiento clínico, evitando la resistencia a los antimicrobianos que es un problema de interés en salud pública. El objetivo del estudio fue determinar la susceptibilidad antimicrobiana de cepas E. coli enteropatógena y E. coli O157:H7, en niños menores de cinco años con diarrea del Instituto Nacional de Salud del Niño de Breña. Material y métodos: Estudio descriptivo, observacional y transversal. Se estudiaron 144 cepas de bacterias fermentadoras de lactosa aisladas en el periodo entre enero y abril del 2016. La susceptibilidad antimicrobiana se realizó por método de disco de difusión y se consideró 13 antibióticos. Resultados: Se identificó 81% (116/144) Escherichia coli y según las variables del estudio se identificó 14% (16/116) E. coli enteropatogénica (EPEC) y ninguna E. coli O157:H7. En el análisis de la susceptibilidad antimicrobiana de las cepas EPEC, resaltó la resistencia del 88% (14/16) a ampicilina, 50% (8/16) a sulfametoxazol/trimetoprim y 50% (8/16) a ácido nalidíxico; la sensibilidad del 100% (16/16) a imipenem y 94% (15/16) a ceftazidima, ciprofloxacina, aztreonam, gentamicina y amikacina. Conclusiones: Las cepas EPEC fueron en mayor porcentaje resistentes a la ampicilina y sulfametoxazol/ trimetoprim, antimicrobianos de automedicación en poblaciones marginales. El 94% (15/16) de cepas EPEC mostraron sensibilidad a la ciprofloxacina; antimicrobiano que se usa en el tratamiento de la enfermedad diarreica aguda causada por bacterias.