El objetivo del presente estudio fue determinar la presencia de anticuerpos frente a Ehrlichia spp en perros con sospecha de ehrlichiosis y trombocitopenia en cuatro distritos de la provincia de Maynas- Iquitos. Se evaluó a un total de 30 perros con cuadro de trombocitopenia. La mediana de la edad fue de 18 meses (IQR: 12 a 24 meses), 16 (53%) eran machos, 23 (77%) tenían antecedente de haber tenido garrapatas, 22 (73%) perros eran raza mestiza y 12 (40%) provenían del distrito Iquitos. En el examen clínico, 13 (43%) presentaron garrapatas y 13 (43%) fiebre. La mediana del recuento de plaquetas fue 33,000 plaquetas/µl (IQR: 23,000 a 69,000). Los anticuerpos frente Ehrlichia spp fueron confirmados en 18 (60%) perros mediante el Kit de diagnóstico SNAP 4DX de IDEXX. De los 18 canes con anticuerpos positivos a Ehrlichia spp, 13 eran de raza mestiza y 5 presentaron fiebre. Los canes con anticuerpos positivos tuvieron una mediana de 24 meses comparada con 12 meses de los canes con anticuerpos negativos frente Ehrlichia spp (p = 0.06). No se encontró asociación entre anticuerpos frente a Ehrlichia spp. y raza (p = 0.6), sexo (p = 0.4), antecedente de garrapatas (p = 0.5), presencia de garrapatas al momento de evaluación (p = 0.4) y fiebre (p = 0.06). Ehrlichia spp es una bacteria que se encuentra presente en esta provincia, puede afectar a todas las razas, edad, sexo y la ausencia de fiebre no descarta la presencia de enfermedad. Es necesario el mejoramiento de políticas en salud pública veterinaria y sensibilización de la población en cuanto al cuidado y control de vectores en los perros.