El ingreso económico del cultivo de especies hidrobiológicas como los mariscos ha aumentado de manera sostenible a lo largo de los años. Los moluscos bivalvos se encuentran en bancos naturales y áreas de cultivo definidas por la autoridad sanitaria competente sobre la base de un programa de vigilancia y control con indicadores de contaminación. Hay evidencia de contaminación por virus entéricos en zonas de amortiguamiento, recolección y efluentes. Por lo tanto, el objetivo principal de este estudio fue detectar la presencia del virus de la hepatitis A y Norovirus genogrupo 1 y 2, utilizando RT-qPCR en mejillones (Mytilidae), conchas de abanico (Argopecten purpuratus) y almejas coquina (Donax spp.). Recolectadas de Ventanilla, Minka, Chorrillos, Jesús María y Breña en Lima y Callao, Perú. Norovirus G1 y G2 se detectó en concentraciones bajas 3.78 copias/ul y 222 copias/ μl respectivamente en una de las muestras (3%) de conchas de abanico “Argopecten purpuratus”, ninguna muestra fue positiva a hepatitis A. Los resultados muestran la importancia de desarrollar nuevas estrategias y programas de vigilancia para controlar y reducir el riesgo de enfermedades humanas por el consumo de mariscos en el Perú.