La cebada es el cuarto cereal más importante del mundo con alto valor nutricional después del arroz, el maíz y el trigo. La cebada es la principal materia prima para la industria panadera y cervecera. En el Perú, actualmente, la producción de cebada se debe en su mayoría a cultivos de pequeños agricultores, en zonas andinas, que utilizan el grano y sus derivados como alimento diario para su subsistencia. La roya amarilla, es la mayor enfermedad que afecta los cereales y tiene una importancia económica a nivel mundial. Además de ser el principal motivo del retiro de variedades resistentes, a medida que aumenta el nivel de susceptibilidad de las mismas. En los últimos años a nivel mundial se ha avanzado en la resistencia a patógenos, a través del mejoramiento genético. No obstante, cabe señalar que la alta virulencia de este patógeno sigue causando inquietud, por ende, ha aumentado su estudio e importancia. Esta tesis tiene como objetivo identificar molecularmente poblaciones diferenciales de Puccinia striiformis y determinar una primera aproximación de la diversidad genética y estructura poblacional de este patógeno de cebada para el Perú. Para este estudio, se colectaron 84 muestras de Roya Amarilla de Cebada de 5 provincias de la Zona Norte de Ayacucho, Perú, fueron examinados usando polimorfismos en secuencias de ADN. Se utilizó como marcador molecular secuencias de las regiones espaciadoras internas de transcripción (ITS) a partir de los genes ribosomales (ADNr). Se encontraron 6 haplotipos distribuidos en 2 poblaciones diferenciales: a) sub-población Norte agrupó 2 haplotipos y b) sub-población Centro agrupó 4 haplotipos.