La macrofauna de los ecosistemas dulceacuícolas se encuentra constantemente amenazada por el deterioro de la calidad de agua, ya que las características fisicoquímicas del ambiente pueden afectar su distribución y funcionalidad, sus ciclos de reproducción y desarrollo, su alimentación y comportamiento. Por ello, su permanencia está determinada por su capacidad de adaptación a las condiciones específicas de cada lugar. Los macroinvertebrados bentónicos son utilizados como herramientas indicadoras de cambios en el ambiente y son de suma utilidad para la evaluación in situ del grado de contaminación y alteración de ecosistemas dulceacuícolas. En el presente trabajo de investigación, se evaluó la calidad de agua de la subcuenca de Quillcay (Cordillera Blanca) durante marzo, julio y noviembre de 2013 por medio de 1) el análisis de parámetros fisicoquímicos y de metales, y 2) el cálculo del índice Biological Monitoring Working Party (BMWP-Ing/Col/Esp/Cub), el Índice Biótico Andino (IBA) y 3) la identificación de los grupos funcionales alimenticios (GFA). Los resultados nos muestran que hubo diferencias significativas entre los sitios sin y con influencia del drenaje ácido de roca (DAR) con respecto a la mayoría de los parámetros fisicoquímicos, concentraciones de metales, la distribución de taxa y GFA, y el cálculo del BMWP y ABI. La composición de la comunidad de macroinvertebrados mostró una menor abundancia y mayor número de taxa tolerantes en lugares afectados por DAR, y un cambio de grupos funcionales de acuerdo a la influencia de los parámetros fisicoquímicos y disponibilidad de alimento entre temporadas. Se concluyó que el índice IBA fue el que mejor evaluó la calidad del agua debido a que en él se encontraron la mayoría de las familias de macroinvertebrados que se identificaron en el lugar, seguido de un recambio de GFA entre temporadas y lugares de muestreo.