Aproximadamente más del 95% de los casos de resistencia a rifampicina en Mycobacterium tuberculosis se deben a mutaciones en el gen rpoB. Dichas mutaciones producen efectos nocivos en las bacterias (disminuyen su fitness). Las cepas resistentes a rifampicina buscan corregir la pérdida del fitness mediante mutaciones compensatorias. El presente estudio analizó e identificó polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), en bases de datos de genomas de M. tuberculosis. En una primera etapa se analizaron todos los genes con al menos un SNP de una base de datos de 72 genomas, posteriormente se analizaron 200 genomas. Se unificaron ambas bases de datos y se calculó el odds ratio (OR), índice de Youden, razón de prevalencias y el test exacto de Fisher. Por último, se analizaron 914 genomas, para identificar la asociación entre la presencia de SNPs en el gen ponA1 y la resistencia a rifampicina. Se calculó el OR, índice de Youden, prueba de Chi-cuadrado y razón de prevalencias. Se identificaron 6 genes (dnaE, esxP, mbtB, PPE64, Rv1429 y Rv2052c) asociados estadísticamente con la presencia de SNPs en el gen rpoB (valor de ρ del test exacto de Fisher< 0.05). Se encontró que los SNPs P618R (gen dnaE), T3S (gen esxP), S1000L (gen mbtB), N196Y (gen PPE64), A500T (gen PPE64), A429T (gen Rv 2052c) y R135L (gen Rv 1429) son factores asociados a la presencia de al menos un SNP en el gen rpoB. Asimismo, la presencia de al menos un SNP en el gen ponA1 es un factor asociado a la resistencia a rifampicina, al igual que los SNPs P631S y A516T de este gen.