Introducción: La exposición prolongada a estresores, propios de la especialización y los inherentes al covid-19, generan la pérdida de entusiasmo por el trabajo, desvelo, sentimientos de frustración, angustia e incapacidad provocando una situación de agotamiento conocido como síndrome de Burnout (SB). El SB es considerado un problema de salud pública por su repercusión a nivel físico, mental y laboral. Por ello, es importante determinar su magnitud especialmente en contexto de la actual pandemia del covid-19. Objetivo: Determinar la frecuencia del síndrome de Burnout durante la pandemia del covid-19 en médicos residentes. Materiales y métodos: Estudio tipo observacional, descriptivo de corte transversal. La muestra fue conformada por 70 médicos residentes de 3 departamentos que laboran en áreas COVID del Hospital Cayetano Heredia durante el periodo de setiembre del 2020. El análisis estadístico comprendió la prueba Chi cuadrado, reforzado con los coeficientes Rho de Spearman y Tau-c de Kendall. El nivel de significancia fue del 5%. Resultados: La frecuencia del síndrome de Burnout fue del 15.7%. El temor a la infección por covid-19(p=0.003) y la baja sensación de seguridad con el uso de EPP (p=0.027, Rho=-0.241) se relacionaron significativamente al agotamiento emocional. La baja sensación de seguridad con el uso de elementos de protección personal se relacionó (p=0.003, Tc=-0.229) al síndrome de Burnout. Conclusión: Existe un alto nivel del síndrome de Burnout durante la pandemia del covid-19. Esta evidencia permite la formulación de estrategias preventivas para mantener el bienestar mental del personal de salud.