En los últimos cinco años, la malaria se ha incrementado de forma constante en la Amazonía Peruana. Este estudio busca determinar la heterogeneidad micro-geográfica de las parasitemias por Plasmodium vivax en comunidades rurales de la Amazonía Peruana. Cuatro encuestas transversales de detección activa de casos (DAC) fueron realizadas entre Mayo y Julio del 2015 en cuatro comunidades rurales del distrito de Mazán. La detección de agrupaciones (clústers) de parasitemias por P. vivax dentro de las comunidades fue determinada mediante el análisis de Anselin’s Local Moran’s I (LISA) y se utilizaron modelos de regresión de Poisson multinivel para evaluar si los factores asociados con parasitemias por P. vivax varían a un nivel micro-geográfico, con dos aproximaciones: 1) incluyendo todas las comunidades y términos de interacción (multi-comunidad) y 2) un modelo por cada comunidad (comunidad-especifico). Se analizaron 2785 muestras de 820 individuos ubicados en 154 hogares para la identificación de parasitemias por P. vivax y P. falciparum en base a microscopia y qPCR. Del total de individuos enrolados, 47% tuvo al menos una parasitemia por P. vivax y 10% por P. falciparum determinados por qPCR. En ambos casos las parasitemias eran predominantemente sub-microscópicas y asintomáticas. El análisis de LISA detectó clústers significativos en tres de las cuatro comunidades (Moran’s I > 0.02; rango valor-p = 0.001 – 0.05). Los modelos de regresión multi-comunidad y comunidad-específicos mostraron diferencias en los factores de riesgo entre las comunidades de estudio. Los factores donde se observó modificación de efecto de acuerdo a la comunidad fueron la ocupación (Razón de prevalencias ajustada - RPA>1.36; rango valor-p = 0.04 – 0.05) y movilización de los habitantes (RPA>2.93; rango valor-p = 0.01 – 0.03). Se observó que los patrones de agrupación espacial de parasitemias por P. vivax difieren entre comunidades con diferentes perfiles de movilización relacionadas al trabajo. Nuestros hallazgos de que todas las comunidades tuvieron prevalencias de P. vivax por encima del 25% al cabo de cuatro encuestas transversales cuestionan la clasificación tradicional de la Región Amazónica Peruana como área hipo-endémica para la transmisión de malaria. La heterogeneidad de P. vivax observada en el estudio parece estar relacionada a la movilización de la población entre comunidades en la misma micro-cuenca, un aspecto clave y poco estudiado para el control de malaria en la Amazonía Peruana y que se puede atender en futuras estrategias para la eliminación de la malaria.