Objetivos. Describir la evolución clínica, inmunológica y virológica de una cohorte de niños y adolescentes con VIH/SIDA del Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins (HNERM), en el periodo 1997-2016. Materiales y métodos. Estudio de cohorte longitudinal y retrospectivo de 78 niños con infección VIH. Se recogieron datos: clínicos, inmunológicos, virológicos, terapéuticos, genotipificación, mortalidad y variables psicosociales. Los datos fueron ingresados a una base en Access y se utilizó el paquete estadístico SPSS 20 para análisis de frecuencias, medias y medianas, así como análisis bivariado. Resultados. La media de edad al ingreso a la UIP fue 4.4 años (DE 3.5), mediana de edad al diagnóstico 2.1 años (RIC: .7-4.7), varones (55%), 59% sin información sobre parto y en aquellos con información, sólo una madre de cinco casos fue diagnosticada VIH antes/durante el parto y recibió ARV. Retraso de 1,3 años en inicio de terapia ARV en relación al diagnóstico inicial, 10 casos en estadio SIDA, mediana de evaluaciones basales de CD4 553 cel/mm3 (RIC 317-1053) y de cargas virales basales 70749 copias/mm³ RIC (12406-387000). La base del tratamiento ARV más frecuente: Inhibidores de Proteasa (63%). Alta rotación de esquemas terapéuticos, uno de cuatro cambió 4 o más veces; genotipificación sólo en 20 casos; 77% tuvo al menos una admisión hospitalaria, más de la tercera parte tuvo tres o más hospitalizaciones y fallecieron ocho pacientes. En el 2016 en terapia ARV 59 pacientes (90% de 65); en supresión virológica 40; y la mediana de CD4 650 cel/mm3 (RIC 444-932). Conclusiones. Limitada cobertura de prevención de transmisión madre hijo del VIH. Alta morbilidad y múltiples retos en el tratamiento de niños y adolescentes con VIH.