La zona de transición marino-costera ubicado entre los 4°-6°S es el único límite biogeográfico reconocible en el ecosistema marino del Perú. A pesar de su relevancia oceanográfica, biogeográfica y ecológica, no se conocen las implicancias de dicha región en la conectividad genética entre especies marinas cuyos rangos de distribución atraviesen este límite biogeográfico. El presente estudio evaluó el efecto de esta zona de transición sobre el flujo génico de dos especies de moluscos intermareales (Echinolittorina paytensis y Brachidontes adamsianus) haciendo uso de análisis filogeográficos y de genética de poblaciones basados en secuencias de dos marcadores mitocondriales: Citocromo Oxidasa I y 16SrRNA. Se encontró que los linajes genéticos detectados en ambas especies no son concordantes con la zonación biogeográfica, sugiriendo que la presencia de la zona de transición no ha funcionado como una barrera para el flujo génico. Los altos niveles de flujo génico y la falta de estructuración genética en estas especies parecen ser el efecto de sus altas capacidades de dispersión larval. Pero debido a los cambios oceanográficos interanuales provocados por los eventos ENSO es posible que la zona de transición constituya una barrera inestable. Por ello se propone que los Eventos ENSO son la causa de la falla en la barrera al flujo de genes en la zona de transición siendo un factor importante en gatillar la conectividad genética en Echinolittorina paytensis. Así mismo, los análisis de historia demográfica revelaron que Echinolittorina paytensis pasó por una expansión demográfica ancestral, mientras que el mitílido B. adamsianus mantuvo un tamaño poblacional constante a través del tiempo. Se propone que la aparición de los eventos ENSO durante el Pleistoceno tardío generó condiciones ambientales ideales para una expansión poblacional en E. paytensis. Se concluye que la especie intermareal Echinolittorina paytensis puede traspasar tres unidades biogeográficas sin presentar estructuración genética.