Antecedentes: Es esencial entender los factores ambientales y humanos que contribuyen a la presencia de gametocitos para un adecuado diseño de las intervenciones destinadas a la eliminación de la malaria; pero en las zonas de baja transmisión y alta prevalencia de P. vivax, que se caracteriza por infecciones de baja densidad, el uso de herramientas moleculares ha permitido detectar más de 90% de infecciones con gametocitos en casos de malaria, a diferencia de la microscopía que no es un método apropiado de diagnóstico para detectar la presencia de infecciones sub-microscópicas de estadios asexuales y gametocitos . Objetivo: Identificar factores ambientales y humanos asociados a la presencia de gametocitos en áreas de baja transmisión en la Amazonia Peruana mediante métodos de detección molecular. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio longitudinal de Diciembre 2013 hasta Diciembre 2014 con 5 evaluaciones a 1934 individuos de las poblaciones de San José Lupuna (LUP) y Cahuide (CAH), Provincia de Maynas, Loreto, Perú. Se calculó la prevalencia y densidad de incidencia para los estadios asexuales mediante reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR), todas las muestras positivas fueron posteriormente analizadas para la detección de gametocitos, mediante la transcriptasa reversa – reacción en cadena de la polimerasa (RT-qPCR) usando los marcadores Pvs25 y Pfs25 de P. vivax y P. falciparum respectivamente. Se realizó un análisis de regresión multinivel de Poisson bivariado y multivariado (PR=Razón de Prevalencia) para identificar los factores asociados a la presencia de gametocitos. Resultados: La prevalencia de malaria por qPCR fue 10,29%; mientras que la densidad de incidencia anual fue de 0,28 infecciones por persona/año y 0,15 infecciones por persona/año a P. vivax y P. falciparum respectivamente. La prueba de RT-qPCR detectó gametocitos en el 27,7% de las infecciones por P. vivax y en 7,86% de P. falciparum. El análisis de regresión de Poisson multinivel dio como resultado que la fiebre (P falciparum PR: 11,41, p=0,002 CI [2,48-52,53]; P vivax PR: 3,45, p<0,001 CI [2,17-5,48]) y el mes de colecta (P falciparum: aumenta en Setiembre y Diciembre 2014; P vivax disminuye en Setiembre 2014) son factores asociados a la presencia de gametocitos. Conclusión: La presencia de gametocitos en los individuos positivos a malaria mediante qPCR está asociado a fiebre y la época seca.