La presente investigación se propuso sistematizar la experiencia pedagógica del programa “Tierra de Niños” en una institución de educación básica rural de la comunidad Huacarpay-Cusco, desarrollada entre 2009 y 2014. Se orientó a describir las habilidades de indagación científica que los estudiantes desarrollaron en el proceso de aprendizaje mediante el uso del contexto geográfico, comunitario e institucional. El estudio fue de tipo cualitativo, nivel descriptivo y diseño estudio de caso con metodología de sistematización. La muestra estuvo conformada por seis estudiantes a quienes se aplicó la técnica de grupo focal. De otro lado, se aplicó una entrevista semi estructurada a la profesora que desarrolló la experiencia conjuntamente con la autora de la presente investigación. Se entrevistó también a una madre y a un padre de familia para complementar la reconstrucción de la experiencia. Adicionalmente, se realizó el registro, la organización y el análisis de la abundante documentación producida por la experiencia acumulada durante sus seis años de aplicación. La experiencia “Tierra de Niños” facilitó adecuadamente el desarrollo de habilidades de indagación científica en los estudiantes de la I.E. 50482.