La alpaca (Vicugna pacos) es un animal de gran valor económico para la región andina del Perú debido a su carne y fibra. El precio de su fibra es altamente variable y está determinado principalmente por su diámetro y por la raza de la cual es obtenida. A la fecha, no se han identificado genes que determinen o afecten ningún rasgo morfológico de la fibra de alpaca. En este estudio se evaluó si el gen BMP4 (regulador del desarrollo del pelo) o los genes KAP1-1 y KAP13-1 (componentes estructurales del pelo) presentan huellas de selección, y si alguno de estos genes posee polimorfismos asociados al diámetro de la fibra en una población de alpacas destinada a su producción. Se encontró evidencia de un barrido selectivo en o cerca del gen KAP13-1, lo que sugiere que este gen o uno muy cercano a él influencia alguna característica monogénica u oligogénica de posible relevancia para la producción de fibra. No se encontró asociación entre los polimorfismos en los genes y el diámetro de la fibra. Dado que la potencia estadística del análisis de asociación fue suficiente para detectar un gen con efecto mayor, se concluye que la huella de selección en KAP13-1 se debería a algún rasgo diferente del diámetro de la fibra de alpaca.