With the objective of evaluating the concordance between the self-sampling of vaginal samples and the standard collection of endocervical samples for the identification of Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis and Candida spp. carried out by health personnel in women from an urban-rural area of Peru, a prospective and cross-sectional study was carried out in 206 women of childbearing age, we identified some sexually transmitted infections such as Chlamydia trachomatis or Trichomonas vaginalis in 9/206 (4.4%). We obtained a high degree of agreement in the identification of Candida spp. (k = 0.97), Chlamydia trachomatis (k=0.92) and Trichomonas vaginalis by microscopy (k=1.00), and a considerable agreement for the identification of Trichomonas vaginalis by culture (k=0.66). The self-sampling technique can be used to identify some sexually transmitted infections in urban-rural populationsCon el objetivo de evaluar la concordancia entre la autotoma de muestras vaginales y la toma estándar de muestras endocervicales para la identificación de Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis y Candida spp. realizadas por el personal de salud en mujeres de un área urbano-rural del Perú, se realizó un estudio prospectivo y transversal en 206 mujeres en edad fértil, identificamos algunas infecciones de transmisión sexual como Chlamydia trachomatis o Trichomonas vaginalis en 9 mujeres (4,4%). Obtuvimos una concordancia casi perfecta en la identificación de Candida spp. (k=0,97), Chlamydia trachomatis (k=0,92) y Trichomonas vaginalis por microscopía (k=1,00), y considerable para la identificación de Trichomonas vaginalis por cultivo (k=0,66). La técnica de la autotoma de muestras vaginales podría ser usada para la identificación de algunas infecciones de transmisión sexual en población urbano-rural