El propósito de la presente investigación fue determinar la relación existente entre las habilidades de indagación científica y las estrategias de aprendizaje en estudiantes de Quinto de Secundaria de la I.E. Mariano Melgar. Distrito Breña. Lima. El estudio es de nivel descriptivo correlacional. La muestra estuvo conformada por 146 estudiantes. Se utilizó el instrumento denominado Escala ACRA, de Román y Gallego (1994) conformada por 119 ítems que mide las estrategias de aprendizaje en las dimensiones de adquisición, codificación, recuperación y apoyo al procesamiento de información. También se diseñó y aplicó una escala elaborada por la investigadora que recoge información sobre habilidades de indagación científica, estuvo constituida por 48 ítems en sus dimensiones que corresponden a identificación de una pregunta o problema, formulación de hipótesis, recolección de datos, evaluación de hipótesis y generalización. Los resultados obtenidos son válidos y confiables comprobados con la prueba del Alpha de Cronbach cuyo valor fue de 0,95 para la primera escala y de 0,89 para la segunda escala, lo que significa que la prueba tiene una alta confiabilidad por consistencia interna de sus elementos. Se concluyó que existen correlaciones significativas entre las habilidades de indagación científica y las estrategias de aprendizaje en los estudiantes de Quinto de Secundaria de la I.E. Mariano Melgar. Distrito Breña. Lima.