Se evaluó el efecto de la variabilidad del oxígeno sobre la estructura y diversidad funcional del macrobentos sublitoral de Callao (12°S) y Mejillones (23°S), entre febrero-octubre 2016. El análisis histórico del oxígeno disuelto permitió identificar tres regímenes de oxígeno. En ambas localidades a 30m se observó un régimen de hipoxia estacional (<0.5ml/L); a 50m un régimen de hipoxia predominante, más intensa en Callao, con oxigenación invernal. Y en Callao (90m), el régimen fue de hipoxia persistente severa durante todo el año con oxigenación episódica. Los efectos del régimen sobre los parámetros de abundancia y biomasa no fueron significativos; en particular, la mayor biomasa en Mejillones estaría explicada por otros factores, como características sedimentológicas. La riqueza y diversidad evidenciaron una compleja interacción con el oxígeno y su variabilidad, que difiere entre ambas localidades. Además, se observó un gradiente de pérdida de diversidad funcional consecuente con la severidad de la hipoxia, observando, en el hábitat de hipoxia persistente, una comunidad limitada al reciclaje de nutrientes que indica un estadío de sucesión temprana. Por otro lado, la estructura de tallas de Paraprionospio pinnata fue más adulta en el régimen de ‘hipoxia persistente’ por reducida competencia entre especies y mayor estabilidad geoquímica.