Introducción: La encefalitis autoinmune es una enfermedad que incluye a distintos síndromes clínicos cuya etiología está asociada a anticuerpos contra estructuras neuronales tales como proteínas intracelulares o antígenos de superficie y es considerada dentro del grupo de encefalitis como una de las más frecuentes por algunas series internacionales. En Latinoamérica existe escasa posibilidad de realización de la prueba por lo que es difícil determinar la verdadera frecuencia de esta enfermedad en esta parte del mundo. A nivel nacional existen escasa literatura publicada, la experiencia en el manejo de encefalitis autoinmune en nuestra sede hospitalaria hace que sea importante realizar una caracterización clínica y epidemiológica en esta enfermedad. Objetivo: Realizar una caracterización clínica y epidemiológica de los pacientes con encefalitis autoinmune en un hospital de referencia nacional. Diseño de investigación: Observacional cohorte retrospectiva. Población: Pacientes mayores de 14 años con encefalitis autoinmune probable o confirmada. Métodos: Se procesarán los datos en el programa STATA v17. La asociación se realizará con pruebas de hipótesis según la naturaleza de las variables independientes. El nivel de confianza será de 95% y el de significancia estadística de 0,05.