El drenaje ácido de mina y de roca pueden afecar los ecosistemas acuáticos altoandinos mediante la liberación de elevadas concentraciones de metales. Por otro lado, la intensa radiación ultravioleta (UV) por encima de los 3500 m puede incrementar la sensibilidad de la fauna acuática hacia los metales. Una estrategia de defensa a estas condiciones son los sistemas antioxidantes y la pigmentación, en este trabajo se evaluó el efecto de los metales y la radiación UV-B en la composición de la comunidad de macroinvertebrados y en la capacidad antioxidante y la concentración de melanina en larvas de la familia Chironomidae en lugares de referencia y contaminados del río Yauli (Junín) durante ocho meses. Los resultados de esta investigación se obtuvieron mediante el análisis de componentes principales (ACP) y el análisis de varianza (ANOVA). Los mayoría de datos fisicoquímicos mostraron una elevada correlación con los puntos contaminados a excepción del pH que mostró una elevada correlación con los puntos de referencia. Los metales y la radiación no produjeron hacia familias más tolerantes. Los metales y la radiación produjeron de manera independiente un aumento de la capacidad antioxidante y melanización, y su interacción produjo un efecto aún mayor. Se concluyó que los elevados niveles de metales y radiación son fuertes moduladores de la macrofauna bentónica altoandina, y que la capacidad antioxidante y pigmentación representarían un sistema de defensa frente estas condiciones extremas para la vida.