Introducción Streptococcus pneumoniae es un patógeno que causa una importante morbilidad y mortalidad a nivel mundial, especialmente en niños pequeños y adultos mayores. El gold standard para definir enfermedad neumocócica invasiva es el cultivo microbiológico. Sin embargo, la PCR en tiempo real ha demostrado ser una alternativa a los métodos microbiológicos convencionales. Metodología Este es un estudio multicéntrico, observacional y prospectivo donde se analizaron muestras de líquidos normalmente estériles (liquido cefalorraquídeo y líquido pleural) de pacientes hospitalizados, en Hospitales y Clínicas de Lima, con sospecha de neumonía bacteriana con derrame pleural o empiema, o de meningitis bacteriana. Las muestras fueron analizadas por métodos microbiológicos convencionales y se realizó el diagnóstico molecular de S. pneumoniae por PCR en tiempo real (q-PCR) mediante la amplificación del gen lytA que codifica a la autolisina. Resultados Se analizaron en total 80 muestras de líquidos, 60 de líquido pleural y 20 de líquido cefalorraquídeo (LCR). 91% de las muestras fueron de niños menores de 18 años y 47.5% fueron de pacientes varones. Del total de las muestras analizadas, 30 fueron positivos por cultivo (26 a S. pneumoniae y 4 a otros gérmenes). En general, el diagnóstico de S pneumoniae fue significativamente mayor mediante q-PCR 69% (58/80) que por cultivo convencional 31% (26/80) (p<0.05). Esta tendencia se mantuvo tanto en el análisis de las muestras de LCR [45%(9/20) vs 30%(6/20)] como en muestras de líquido pleural [82%(49/60) vs 33%(20/60)]. El límite de detección de nuestro sistema de q-PCR para lytA fue de 5 UFC/reacción de PCR. Conclusiones El diagnóstico de S. pneumoniae mediante q-PCR demostró ser más sensible y rápido en comparación al cultivo de muestras de líquido normalmente estériles.