La trucha arcoíris es una importante especie acuícola del Perú que es afectada por Aeromonas sp. Para la identificación de Aeromonas se recomienda un análisis fenotípico, molecular y de filogenia. El MLST (Multilocus Sequence Typing) permite tipificar, establecer asociaciones y relaciones interespecie mediante secuenciación de genes de mantenimiento. El presente estudio descriptivo-interpretativo evaluó la diversidad genética y relacionó 11 cepas patógenas de Aeromonas salmonicida y Aeromonas sp., procedentes de truchas arcoíris afectadas de las regiones de Cajamarca (3), Puno (2), Junín (5) y Ancash (1), usando seis (6) genes housekeeping (recA, gyrB, metG, gltA, groL y ppsA) y datos del Aeromonas MLST Databases. Se identificó las cepas por ARNr 16S, luego se realizó secuenciación, ensamblaje de genomas, detección de genes housekeeping, alineamiento múltiple y relación filogenética por MLST. El análisis MLST halló que las cepas Aeromonas salmonicida 10, 12 (Cajamarca) y 11 (Junín) forman un grupo monofilético muy relacionada a la cepa 6 (Áncash), pero la A. salmonicida cepa 7 (Puno) forma un brazo filogenético diferenciado, mientras las cepas Aeromonas sp. 2, 3, 4, 5 (Junín) y 9 (Puno) forman otro clado superior. La cepa patógena Aeromonas sp. 1 (Cajamarca) forma un clúster diferente mientras la cepa 8 no se relacionó a Aeromonas. Se concluyó que los genes housekeeping analizados son adecuados para reconstruir relaciones de parentesco entre poblaciones de Aeromonas; además, la diversidad genética de las cepas Aeromonas salmonicida y Aeromonas sp. analizadas mostró asociación en dos grandes grupos circulantes, en la sierra norte y sierra centro del Perú, respectivamente.Rainbow trout is an important aquaculture species in Peru which is affected by Aeromonas sp. For the identification of Aeromonas, a phenotypic, molecular, and phylogeny analysis is recommended. MLST (Multilocus Sequences Typing) allows typifying, establishing associations, and interspecies relationships through housekeeping gene sequencing. This descriptive- interpretative study reclassified and evaluated genetic diversity and related 11 pathogenic strains Aeromonas salmonicida and Aeromonas sp., from diseased rainbow trout from Cajamarca (3), Puno (2), Junín (5), and Ancash (1), using six (6) housekeeping genes (recA, gyrB, metG, gltA, groL, and ppsA) and data from Aeromonas MLST Databases. The strains were identified by means of 16S rRNA, then sequencing, genome assembly, housekeeping gene detection, multiple alignments, and phylogenetic relationship by MLST were performed. The MLST analysis found that Aeromonas salmonicida strains 10, 12 (Cajamarca) and 11 (Junin) form a monophyletic group closely related to strain 6 (Ancash), however, A. salmonicida strain 7 (Puno) forms a differentiated phylogenetic branch, while the Aeromonas sp. 2, 3, 4, 5 (Junin) and 9 (Puno) form another superior clade. The pathogenic strain Aeromonas sp. 1 (Cajamarca) forms a different cluster while strain 8 was not related to Aeromonas. It was concluded that the analyzed housekeeping genes are adequate to reconstruct kinship relationships between populations of Aeromonas; furthermore, the genetic diversity of strains Aeromonas salmonicida and Aeromonas sp. showed association in two large circulating groups, in the northern and central highlands of Peru, respectively.