La resistencia antimicrobiana es un problema que se ha evidenciado con mayor fuerza en los últimos años y a nivel mundial. El presente estudió buscó determinar si existe concordancia entre la presencia de genes de resistencia a antibióticos (blaCTX-M-15 y floR) en muestras pareadas de heces de madres y de sus bebés menores de 2 años en zonas urbano-marginal en el distrito de Villa El Salvador, Lima-Perú. Se extrajo el material genético seguido de la verificación de la calidad del ADN por medio de espectrofotometría ultravioleta. Se realizó la amplificación de los genes de resistencia blaCTX-M-15 y floR mediante PCR, seguido de la detección del amplicón por CRISPR/Cas12a. En madres y niños, se reporta mayor prevalencia para el gen floR (54,55%), el cual produce resistencia al grupo de antibióticos anfenicoles, cuyo uso es principalmente en animales. En cambio, blaCTX-M-15, que produce resistencia a antibióticos de uso humano, reportó menor prevalencia (31,31%). Asimismo, se determinó una concordancia ligeramente positiva, pero significativa entre la presencia del gen blaCTX-M-15 en las muestras de madres y sus hijos, y no se encontró concordancia para el gen floR; sin embargo, no se descarta la hipótesis de relacionar la presencia del gen a otros factores ambientales.Antimicrobial resistance is a problem that has become more evident in recent years and worldwide. The present study sought to determine if there is concordance between the presence of antibiotic resistance genes (blaCTX-M-15 and floR) in paired stool samples from mothers and their infants under 2 years of age in urban-marginal areas in the district of Villa El Salvador, Lima-Peru. Genetic material was extracted followed by verification of DNA quality by ultraviolet spectrophotometry. Amplification of the resistance genes blaCTX-M-15 and floR was performed by PCR, followed by detection of the amplicon by CRISPR/Cas12a. In mothers and children, a higher prevalence was reported for the floR gene (54.55%), which produces resistance to the amphenicol group of antibiotics, whose use is mainly in animals. In contrast, blaCTX-M-15, which produces resistance to antibiotics for human use, reported a lower prevalence (31.31%). Likewise, a slightly positive but significant concordance was found between the presence of the blaCTX-M-15 gene in the samples of mothers and their children, and, and, no concordance was found for the floR gene;however, ; however, the hypothesis of associating the presence of the gene to other environmental factors is not ruled out.