El objetivo de la presente investigación fue determinar el efecto que produce la aplicación del sistema de tareas en la capacidad de indagación científica de los estudiantes de segundo grado del nivel secundaria en la I.E. José Faustino Sánchez Carrión UGEL 01, en el año 2015. La hipótesis general que se consideró fue que la aplicación del sistema de tareas tiene un efecto significativo en la capacidad de indagación científica de los estudiantes de segundo grado. La población estuvo constituida por 295 estudiantes, del área de Ciencia Tecnología y Ambiente de segundo grado de nivel secundaria de la I.E. José Faustino Sánchez Carrión, siendo la muestra 27 estudiantes de segundo grado. Esta se estableció como no probabilística intencionada y estuvo conformada por un grupo intacto formado con anterioridad a la realización del experimento. El tipo de investigación es cuantitativa de nivel explicativo y el diseño de investigación es cuasi experimental pretest y postest único grupo. Para la recolección de datos se utilizó la técnica de encuesta y su instrumento la prueba escrita de indagación científica (pretest y postest). Se aplicó el programa de intervención pedagógica denominado INDATAREA, basado en el sistema de tareas que se realizó en 10 sesiones. Con ello se logró desarrollar gradualmente la capacidad de indagación científica en los estudiantes. Los resultados obtenidos permitieron confirmar las hipótesis planteadas. Al comparar los resultados del pretest y el postest mediante la prueba de Wilcoxon, se encontraron diferencias estadísticamente significativas (p< ,001), observándose mejores resultados en el postest. Se evidenció en las medias obtenidas un incremento de la siguiente manera: en la capacidad de indagación científica 6, en la observación 1, en la problematización 0,86, en la revisión de fuentes 1,23, en la hipotetización 0,85, en la experimentación 2,07 y en la formulación de conclusiones 0,71.