Plasmodium vivax es la especie causante de malaria con mayor distribución a nivel mundial, produciendo una significativa morbilidad en todo el mundo. En la Costa Norte del Perú el número de casos de malaria producidos por P. vivax han aumentado constantemente en los últimos años, a pesar de una disminución sostenida de casos a nivel nacional. Para un mejor entendimiento de la dinámica de transmisión poblacional de P. vivax presente en la Costa Norte Peruana y la Amazonía Ecuatoriana, en el presente estudio se determinó la variabilidad genética y estructura poblacional de P. vivax provenientes de estas dos regiones. Ciento cincuenta muestras de sangre o suero de pacientes infectados con P. vivax, 95 provenientes de la Costa Norte del Perú (58 de Piura y 37 de Tumbes muestras de sangre colectadas entre 2008-2010) y 55 muestras de suero provenientes de la Selva de Ecuador-Puyo colectadas entre 2001-2004, fueron evaluadas mediante el análisis de 6 marcadores microsatélites polimórficos neutrales. La variabilidad genética fue determinada mediante la identificación de haplotipos y el cálculo del índice de Heterocigocidad esperada (He). La estructura poblacional se determinó mediante un análisis bayesiano de inferencia de poblaciones. Se observó una variabilidad genética muy baja en la Costa Norte del Perú. En Piura se identificó un alelo por locus, un solo haplotipo y He=0. En Tumbes se identificó de 1-3 alelos por locus, 3 haplotipos y He=0.30-0.32. En contraste con lo hallado en la Costa Norte del Perú, en la Amazonía de Ecuador (Puyo) se observó una alta variabilidad genética, 4-6 alelos por locus, 15 haplotipos y He=0.43-0.70 por locus. El análisis de estructura poblacional reveló 3 poblaciones distintas entre sí, una población en Piura, una segunda población en Tumbes y una tercera población en Puyo. También se observó una sub-población en la localidad de Tumbes, la cual represento el 14% de las muestras de Tumbes, esta sub-población presentó un haplotipo idéntico al encontrado en la localidad de Piura, esto sugiere la existencia de un flujo poblacional unidireccional de Piura a Tumbes. Por otro lado, en Tumbes se observó un haplotipo colectado en el año 2008 con alta similaridad a los encontrados en Puyo (en el año 2003), este caso sería importado de la selva de Ecuador. No se observó haplotipos comunes entre Piura y Puyo, esto indica una ausencia de flujo poblacional de P. vivax entre estas 2 regiones. El presente estudio proporciona información relevante sobre los patrones de transmisión entre las zonas de la Costa Norte del Perú y la Amazonía Ecuatoriana. En futuros estudios para un mejor entendimiento de la dinámica poblacional y transmisión de poblaciones de P. vivax, se deberían incluir poblaciones de P. vivax provenientes de la región de la Costa Sur de Ecuador con la finalidad de identificar posibles nuevas rutas de flujo poblacional entre estos 2 países.