El objetivo del estudio fue determinar la prevalencia de Cryptosporidium sp en caninos de comunidades campesinas de los distritos de Ajoyani, provincia de Carabaya, y de Palca y Santa Lucia, provincia de Lampa, en Puno, Perú. Se recolectaron 123 muestras fecales de canes aparentemente sanos, de ambos sexos y con edades mayores de un mes, y se analizaron mediante la técnica de Ziehl-Neelsen modificada para el diagnóstico de Cryptosporidium sp. La prevalencia general de Cryptosporidium sp fue de 26.8 ± 7.8%, sin encontrarse asociación significativa entre la presencia del protozoo con el distrito de procedencia, sexo y edad. Los resultados demuestran la presencia de Cryptosporidium sp en caninos evidenciando un posible riesgo zoonótico.