En Perú y Bolivia existe una gran diversidad de “rocotos” (Capsicum pubescens), los cuales se caracterizan por ser principalmente de color rojo, aunque también se encuentran rocotos amarillos, anaranjados y verdes. Son usados en ensaladas, salsas picantes y en la preparación de platillos como el rocoto relleno, uno de los platos más representativos del Perú. El presente trabajo tuvo como objetivo realizar la caracterización químico-nutricional y de actividad antioxidante de dos variedades rojo y amarillo que se cultivan en Villa Rica, Pasco. Para ambas muestras de rocoto, el porcentaje de humedad fue alto (92%). No hubo diferencias en el contenido en base seca de proteínas (15.5%) y grasa (1.8%), pero respecto al contenido de carbohidratos, el rocoto rojo tuvo mayor porcentaje que el amarillo (55.3% versus 51.3%). En cuanto al contenido de fibra y ceniza el rocoto amarillo presentó mayor porcentaje (21 y 10.3%, respectivamente) en comparación con el rojo (18 y 9.3%, respectivamente). El contenido de capsaicinoides (capsaicina y dihidrocapsaicina) fue determinado tanto en pulpa como en placenta + semillas por medio de HPLC. Para ambas muestras, el contenido de capsaicinoides fue menor en la pulpa, siendo la dihidrocapsaicina el capsaicinoide de mayor concentración. El contenido total de capsaicinoides del rocoto amarillo fue mayor al del rojo tanto en pulpa (101.6 vs. 35.25 µg/g muestra fresca) como en placenta + semillas (893.5 vs. 340.3 µg/g muestra fresca). El contenido de polifenoles totales, determinado a través del método espectrofotométrico de Folin-Ciocalteau, fue mayor en el rocoto amarillo (58.6 versus 46.1 mg EAG/100 g muestra fresca). Se utilizó la cromatografía líquida de alta resolución (HPLC) para medir la concentración de 4 flavonoides (quercetina, luteolina, apigenina y kaempferol) y se pudo constatar la presencia de kaempferol en el rocoto rojo (2 µg/g muestra fresca) y en el rocoto amarillo dos flavonoides (quercitina y kaempferol) en concentraciones de 7 y 8 µg/g muestra fresca, respectivamente. La actividad antioxidante in vitro, determinada a través del ensayo ORAC (Capacidad de Absorción de Radicales de Oxígeno), muestra que el rocoto amarillo tiene mayor actividad que el rocoto rojo (1137.9 - 1060.1 µmol ET en 100 g muestra fresca, respectivamente).