Antecedentes: El uso indiscriminado de antimicrobianos ha generado la aparición de cepas resistentes con gran rapidez, por lo que requiere una adecuada prescripción y manejo del tratamiento antimicrobiano empírico de acuerdo a los resultados microbiológicos, así como de seguimiento y vigilancia internacional. Objetivo: Evaluar la prescripción antimicrobiana empírica y la toma de decisiones a las 72 horas de instalada de acuerdo a los resultados microbiológicos, así como describir las características microbiológicas de los cultivos tomados y determinar la asociación de factores demográficos y microbiológicos del paciente a la toma de decisiones a las 72 horas de instalado el tratamiento antimicrobiano empírico. Materiales y métodos: Se diseñó un estudio analítico-observacional tipo cohorte prospectivo con una muestra de 53 pacientes. Se incluyeron pacientes hospitalizados en las áreas de Medicina, Cirugía y Pediatría del departamento de Emergencia de un hospital nivel III-1 de Lima-Perú entre junio y julio de 2017 con diagnóstico de infección y/o sepsis temprana con rango de edad entre 28 días de vida y 90 años y que cuenten con muestras de cultivo microbiológico. Se excluyeron a aquellos con historias clínicas incompletas, transferidos de otro centro y con más de una infección como diagnóstico. Se definió como decisión terapéutica de acuerdo a guías clínicas a la determinación definitiva del médico para elegir la prescripción antimicrobiana definitiva basada en resultados microbiológicos y corroborado por un experto, englobando al escalamiento y de-escalamiento antimicrobiano y al tratamiento antimicrobiano mantenido, acorde a las especificaciones de la guía clínica correspondiente de la patología. Se empleó un formulario de recolección de datos en el cual se registraron los datos demográficos de los pacientes, sus características clínicas y sus resultados microbiológicos; información evaluada como factores asociados. Se empleó frecuencias y proporciones para la descripción de los datos, se estableció como prioridad evaluar la decisión terapéutica acorde a guías clínicas, se analizó las diferencias de proporciones o medias para las variables con la prueba de chi-cuadrado y test de Fisher, siendo significativo p≤0.05. Resultados: se siguió una cohorte de 53 pacientes, de los cuales en el 26.42% (14/53) se tomaba la decisión terapéutica de acuerdo a las guías clínicas, 58.4% (31/53) de los cultivos dieron resultado positivo, siendo los microorganismos más cultivados E. coli con 24.5% (13/53) y S. aureus con 9.4% (5/53). Se encontró como factor de significancia estadística para decidir acorde a las guía clínicas el resultado del cultivo (p=0.008). Conclusión: La proporción de médicos tratantes que tomaron una decisión terapéutica acorde a las guías clínicas representa la cuarta parte del total. Los resultados microbiológicos fueron en su mayoría positivos, siendo E. coli, S. aureus y P. aeruginosa las bacterias cultivadas más representativas. Se encontró menor sensibilidad a gentamicina y a ampicilina para E. coli; sensibilidad preservada en las cepas de S. aureus cultivadas y resistencia a ceftriaxona, ciprofloxacino y levofloxacino en P. aeruginosa. Un factor asociado para tomar una decisión de acuerdo a las guías clínicas es el resultado del cultivo.