Objetivo: Evaluar la relación entre síntomas depresivos y rendimiento académico en un grupo de estudiantes de medicina. Métodos: Estudio transversal que involucró a estudiantes de 1º a 5º de medicina. Los síntomas depresivos se evaluaron entre febrero a julio de 2013 usando el PHQ-9, y el rendimiento académico mediante promedios y orden de mérito al final de cada semestre del año académico correspondiente. Se construyeron modelos de regresión lineal y se reportaron coeficientes e intervalos de confianza al 95% (IC95%). Resultados: De 534 estudiantes enrolados, 33,5% (n=179) reportaron síntomas depresivos leves, 12,4% (n=66) entre moderado y severo, y 4,5% (n= 24) ideación suicida. El modelo multivariable encontró que los estudiantes con sintomatología depresiva moderada-severa estaban, en promedio, 15 puestos (IC95%: 3,96–27,22) por debajo de aquellos con síntomas mínimos en el primer semestre, y 12 puestos (IC95%: 0,51–23,86) por debajo, en el segundo semestre. Conclusiones: Los estudiantes con síntomas depresivos moderados a severos (12,4% de la muestra) ocuparon, en promedio, 15 y 12 puestos por debajo de aquellos con sintomatología mínima en el primer y segundo semestre, respectivamente. Esta relación entre depresión y rendimiento académico hace necesarias tanto la adopción de programas preventivos como la búsqueda temprana de tratamiento.