La poca solidez de la estructura organizacional en establecimientos del sector salud y la ausencia de estandarización de sus procesos afectan en mayor medida a los establecimientos que se encuentran en zonas de difícil acceso en el interior del país; por lo que es importante conocer el cómo se desarrollan las atenciones en dichos establecimientos. Por ello, se planteó analizar los procesos prestacionales y administrativos del Centro de Salud Santa Clotilde en Iquitos. La ejecución de esta investigación inició con la identificación de todos los procesos del centro de salud en mención, bajo la metodología AS IS, luego se priorizaron los procesos esenciales para su posterior análisis, y se culminó con una propuesta de mejora (TO BE); todo esto validado junto con el personal del establecimiento. En total se identificaron 28 procesos de 12 diferentes áreas, entre asistenciales y administrativas; de los cuales se priorizaron los del área de admisión, emergencia, consulta ambulatoria, hospitalización, laboratorio y farmacia. Los principales hallazgos fueron la falta de directrices estratégicas del establecimiento, la diferencia de lo establecido por normativas sanitarias y la situación real del desarrollo de procesos en las regiones, y la duplicidad de actividades dentro de un mismo proceso.