La papa, Solanum sp., es considerada por la FAO el cuarto cultivo de mayor importancia después del arroz, el trigo y el maíz. Este cultivo es gravemente afectado por las heladas; sin embargo, existen variedades de papas nativas en Perú capaces de tolerar sus efectos, siendo de interés para estudios de mejoramiento genético. El incrementar el conocimiento existente sobre la capacidad de tolerancia a heladas de nuestras papas nativas es un paso hacia la generación de variedades comerciales tolerantes, en beneficio de la producción de papa del Perú. Este proyecto apuntó a establecer una base para investigaciones futuras al comparar los genes regulados en una variedad de papa susceptible a heladas contra una tolerante para indagar cuáles genes podrían ser de importancia en la respuesta de la variedad tolerante. Con este objetivo en mente, se secuenció mediante RNAseq el transcriptoma de dos variedades de papa nativas de Huancayo, una susceptible y otra tolerante a heladas, tras exponerlas a 0°C, a fin de compararlos y encontrar genes candidatos de tolerancia a heladas. Entre nuestras observaciones encontramos factores de transcripción tipo CBF, MYB, NAC y ZF que podrían ser de importancia en la respuesta de nuestra papa nativa tolerante.