Objetivo: Determinar la actividad antimicrobiana in vitro de los extractos acuosos al 10% y 100% del Allium sativum (ajo), Allium cepa (cebolla), Petroselinum crispum (perejil), Coriandrum sativum (culantro) y Capsicum annuum (pimiento) comparado con gluconato de clorhexidina al 0.12% y agua destilada a las 24 y 48 horas frente a microorganismos de la microflora oral. Material y métodos: Se evaluó la actividad antimicrobiana mediante el método de Disco difusión. El diseño del estudio fue de tipo experimental in vitro de corte transversal. El análisis estadístico univariado y bivariado se hizo en el programa SPSS 17.0. Resultados: Se determinó que la actividad antimicrobiana de las sustancias experimentales a las 24h fue: el extracto acuoso al 10% y 100% del Allium sativum (ajo) tuvo un promedio en los halos de inhibición de 0.04 ± 0.19 y 0.76 ± 1.12 mm respectivamente; en los extractos acuosos al 100% del Allium cepa (cebolla) fue de 0.01 ± 0.07 mm y Capsicum annuum (pimiento) con 0.07 ± 0.17 mm. En los extractos acuosos al 10% Y 100% del Petroselinum crispum (perejil) y Coriandrum sativum (culantro) y al 10% del Allium cepa (cebolla) y Capsicum annuum (pimiento); presentaron un promedio de 0 mm. Sin embargo, a las 48h, el extracto acuoso al 10% Y 100% del Allium sativum (ajo) tuvo un promedio en los halos de inhibición de 0.03 ± 0.19 Y 0.87 ± 1.83 mm respectivamente; en los extractos acuosos al 100% del Allium cepa (cebolla) fue de 0.01 ± 0.05 mm y Capsicum annuum (pimiento) con 0.07 ± 0.25 mm. En los extractos acuosos al 10% y 100% del Petroselinum crispum (perejil) y Coriandrum sativum (culantro) y al 10% del Allium cepa (cebolla) y Capsicum annuum (pimiento); presentaron un promedio de 0 mm. Conclusiones: Existe actividad antimicrobiana In vitro del extracto acuoso del Allium sativum (ajo), Allium cepa (cebolla) y Capsicum annuum (pimiento) comparado Clorhexidina al 0.12% y agua destilada frente a microorganismos de la microflora oral; asimismo el Petroselinum crispum (perejil) y Coriandrum sativum (culantro) no presentan actividad antimicrobiana.